Следуя логике того страшного времени, в ноябре его арестовали по обвинению в «участии в контрреволюционной вредительской организации». В декабре расстрел отложили, а конструктора отправили в «шарашку» при тюрьме. Работая в ней, совместно с коллегами он разработал истребитель. За особые заслуги перед отечеством расстрел заменили на десять лет лагерей, а потом объявили амнистию, со временем назначив талантливого конструктора на должность главного конструктора бюро.
Когда началась Вторая мировая война, его направили в командировку в Германию. За время его отсутствия руководство авиазавода расформировало его конструкторское бюро, передав разработанный им проект нового истребителя совершенно другому инженеру. Вместо тех условий, в которых он работал, по возвращении ему предложили старый ангар, не имевший производственной базы, но даже там он сумел сделать многое для развития авиационной промышленности страны, которая пыталась его уничтожить.
Спустя четыре года он умер. Ему было всего 52 года. Скорая смерть удивила многих, поскольку он никогда не курил, не пил, всегда был спортивным и сильным человеком. Зная о приближающемся конце, он просил не расформировывать его бюро, но его просьба была отвергнута.
Его реабилитировали спустя 12 лет после смерти, а люди, уничтожившие его дело и заимствовавшие его проекты, стали генералами и министрами, прожили долгие жизни и все, как один, были похоронены на Новодевичьем кладбище – там же, где и он, только на несколько десятилетий позже.